في القصة التي يرويها عمر بن أسامة بن لادن في مذكراته يكشف جانباً من شخصية الظواهري البغيضة. فقد أمر بتصفية مراهق بعد أحاديث كيدية عن ممارساته الجنسية. لم تنفع محاولات الاستعطاف، وقرر الظواهري حتى يعطي درساً مرعباً للمراهقين الآخرين أن يطلق الرصاص على رأس الصغير المسكين.
هذه المحاكمة المثيرة للاشمئزاز التي جرت في السودان، الملجأ الذي سبق أفغانستان، لا تكشف فقط عن الوحشية التي عُرفت عن التنظيم، ولكن عن أسلوب إدارة الظواهري.