هندسة البروتينات... ترسم مستقبل العلوم

مشروع أبحاث كومبيوتري يساهم فيه مليون شخص من العلماء والمتطوعين

هندسة البروتينات... ترسم مستقبل العلوم
TT

هندسة البروتينات... ترسم مستقبل العلوم

هندسة البروتينات... ترسم مستقبل العلوم

يكرّس العلماء اليوم المزيد من وقتهم وجهودهم للتوصل إلى الطريقة التي ستسمح لهم بالتحكم بالعالم عبر البروتينات، العناصر التي تعتبر مسؤولةً عن النشاط الحي في الجسم. تحصل البروتينات على المعلومات المشفرة في الحمض النووي وتحوّلها إلى صيغة هيكلية معقّدة ثلاثية الأبعاد، يعمل عدد كبير منها كآلات صغيرة.
وتعمل البروتينات على نشر الأكسجين في مجرى الدّم، وتستمد الطاقة من الطعام، وتشحن الأعصاب، وتهاجم الأجسام الدخيلة. وهكذا، يبدو الحمض النووي وكأنه يعمل في خدمة البروتينات، فيحمل المعلومات حول كيفية، وتوقيت، والكميات المطلوبة لإنتاجها.

بروتينات صناعية

تنتج الأجسام الحيّة آلاف البروتينات المختلفة، التي سيزداد عددها بشكل كبير عما قريب، مع بدء العلماء بتعلّم تصميم بروتينات جديدة من الصفر لخدمة أهداف محددة. إذ يسعى البعض إلى تصميم بروتينات جديدة للأدوية واللقاحات، فيما يسعى آخرون لصنع محفزات أفضل لقطاعي الصناعة الكيميائية وصناعة المواد الجديدة.
يشبه ديفيد بيكر، مدير معهد تصميم البروتينات في جامعة واشنطن هندسة البروتينات بنزعة صناعة الأدوات ذات التصاميم الخاصة. ففي مرحلة معينة، ذهب الإنسان الأول بعيداً في استخدام الأشياء التي اكتشفها، فاستخدم قطع الخشب، والحصى والصخور، وبدأ بتصميم أدوات تناسب حاجاته الأساسية، ووصل إلى صناعة مفكات البراغي والسيارات الرياضية.
واليوم، بات من الممكن إحداث مرحلة انتقالية مشابهة على صعيد الجزيئيات، على اعتبار أن العلماء يمكنهم أن يصنعوا بروتينات بصيغ هيكلية لم تنتجها الطبيعة يوماً. وقال ويليام ديغرادو، عالم متخصص في الكيمياء من جامعة كاليفورنيا، سان فرانسيسكو: «هذه الصيغ ستتجاوز عالم البروتينات الطبيعية».
بدأ الحديث عن هندسة البروتينات منذ عقود، ولكن تنفيذها كان يعتبر مشكلة شاقة ومعقّدة قبل السنتين الأخيرتين. ولا توجد قواعد بسيطة لتوقّع كيف يمكن للبروتينات أن تتضاعف لتصبح بهياكلها المختلفة الثلاثية الأبعاد، لذا، حتى ولو تمكنتم من تصميم بروتين ما بالشكل الذي يلائم وظيفة معينة، لن تكون هناك طريقة واضحة لمعرفة كيف تمت صناعتها من للبنات الأساسية للبروتينات، أي الأحماض الأمينية.
وقال ديغرادو إن العلماء عملوا لسنوات طويلة على حلّ المشكلة. ولكن على عكس غيرها من المجالات التي تشهد ترويجاً، لم يرَ العالم احتفالاً بأي إنجازات في مجال هندسة البروتينات (كالاحتفال بإتمام مشروع الجينوم البشري الذي وصلت تكلفته إلى ثلاثة مليارات دولار)، كما لم نر أي اختراق علمي مفاجئ مثل تصميم طريقة «CRISPR» للقص الجيني التي اعتمدت على مكوّن من بكتيريا اللبن الزبادي ساهم في تطوير القدرة على تعديل الجينات. إلا أن بعض العلماء يرجحون اليوم أن تصميم البروتينات سيكتسب أهمية توازي الأهمية التي حاز عليها التلاعب بالحمض النووي في العقدين الأخيرين.
تمثّل التغيير الذي حصل أخيراً في القدرة على فكّ شفرة اللغة الصعبة لشكل البروتينات. إذ إن هناك طريقة بسيطة جداً تترجمها البنية الكيميائية الخطية التي تحملها فروع الحمض النووي إلى سلاسل من الأحماض الأمينية في البروتينات. ولكن قوانين الفيزياء تلعب دوراً في هذه العملية، إذ تتحوّل البروتينات فجأة إلى صيغ هيكلية مطوية بسبب انجذاب أو نفور الأحماض الأمينية الناتج عن أماكن أخرى كثيرة في السلسلة.
وقال بيكر من جامعة واشنطن إنّه حين بدأ حياته المهنية قبل 30 عاماً، حاول علماء متمرّسون إبعاده عن مجال هندسة البروتينات لغياب الضمانات بإمكانية إحداث أي تقدّم في هذا المجال. ولكنّه قال إنّه أحبّ التحدّي الذي يتطلب تعدّد الاختصاصات، من علوم الكومبيوتر إلى علوم الأحياء، والكيمياء، والفيزياء.

مشروع أبحاث

ومنذ ذلك الحين، طوّر العلماء مفهومهم حول فيزيائيات البروتينات، بينما تنامت قوّة الحوسبة. وبدأ بيكر تنفيذ نظام يعرف بـ«روزيتا»، ولكنّه لاحظ أنّ كومبيوتره الجامعي يفرغ بسرعة من الطاقة، فأشرك معه مواطنين قاموا بتأجير كومبيوتراتهم في إطار مشروع عُرف بـ«روزيتا @ هوم».
بعدها، ابتكر بيكر وزملاؤه نوعاً من الألعاب عرف بـ«فولديت»، يمكن للعلماء من خلاله أن يحاولوا التوصل إلى كيفية تصميم بعض أنواع البروتينات. وأخيراً، استعانوا بمساعدة أكثر من مليون شخص، حسب ما قال لي، مما أكسبهم القدرة على توقّع صغر الحجم الذي يمكن أن تصل إليه البروتينات، إلا أن البروتينات الأكبر حجماً كانت لا تزال شديدة التعقيد. وبحسب ما أورد خبر نُشر في مجلة «ساينس»، حصل العلماء على دعم من علماء آخرين يدرسون كيف أدّى التطوّر إلى البروتينات الموجودة لدينا اليوم. تنتج غالبية الطفرات الجينية التي تؤثر على هيكلية البروتينات شيء غير فعال، مما يؤدي إلى موت أي جسم يحصل عليه بالوراثة. ولكن بعض التركيبات التي تتألف من طفرات مختلفة ستنتج نسخة معدّلة من الشيء نفسه، وبالتالي ستسمح لبروتينات جديدة بالنشوء.
وأخيراً، نجح مشروع «روزيتا» البيولوجي خاصتهم في مهمته. فقد قال ديغرادو من جامعة كاليفورنيا إنّ مختبره يبحث في ابتكار أدوية جديدة تمتاز باستقرار أكبر، على رفوف الصيدليات وفي جسم الإنسان. كما أنّه يعمل على دراسة مرض ألزهايمر وحالات عصبية مشابهة، ترتكز على بروتينات دماغية تتحوّل بشكل خاطئ إلى مخزونات سامة.
يعمل مختبر بيكر على مجموعة أخرى متنوعة من التطبيقات، من بينها لقاح يحمي من جميع سلالات الإنفلونزا في وقت واحد، ونظاماً يعمل على تفكيك بروتين الغلوتين الشائع الموجود في الحبوب، في محاولة منه لمساعدة الناس الذين يعانون من الاضطرابات الهضمية. يبحث علماء آخرون أيضاً عن بروتينات تساعد في تحويل الطاقة الشمسية إلى وقود. وأشار بيكر إلى أن عدد البروتينات المحتملة والتي يمكن التوصل إليها عبر الهندسة قد يفوق عدد الذرات الموجودة في هذا الكون. لقد أنتج التطور جزءا صغيراً جداً، إلا أن مجال التوسع لا يزال كبيراً أمام العلم.
* خدمة «بلومبيرغ»


مقالات ذات صلة

علماء ينتجون «نموذج جنين بشري» في المختبر

علوم النموذج تم تطويره باستخدام الخلايا الجذعية (أرشيف - رويترز)

علماء ينتجون «نموذج جنين بشري» في المختبر

أنتجت مجموعة من العلماء هيكلاً يشبه إلى حد كبير الجنين البشري، وذلك في المختبر، دون استخدام حيوانات منوية أو بويضات.

«الشرق الأوسط» (لندن)
علوم الهياكل الشبيهة بالأجنة البشرية تم إنشاؤها في المختبر باستخدام الخلايا الجذعية (أرشيف - رويترز)

علماء يطورون «نماذج أجنة بشرية» في المختبر

قال فريق من الباحثين في الولايات المتحدة والمملكة المتحدة إنهم ابتكروا أول هياكل صناعية في العالم شبيهة بالأجنة البشرية باستخدام الخلايا الجذعية.

«الشرق الأوسط» (لندن)
علوم علماء يتمكنون من جمع حمض نووي بشري من الهواء والرمال والمياه

علماء يتمكنون من جمع حمض نووي بشري من الهواء والرمال والمياه

تمكنت مجموعة من العلماء من جمع وتحليل الحمض النووي البشري من الهواء في غرفة مزدحمة ومن آثار الأقدام على رمال الشواطئ ومياه المحيطات والأنهار.

«الشرق الأوسط» (نيويورك)
علوم صورة لنموذج يمثل إنسان «نياندرتال» معروضاً في «المتحف الوطني لعصور ما قبل التاريخ» بفرنسا (أ.ف.ب)

دراسة: شكل أنف البشر حالياً تأثر بجينات إنسان «نياندرتال»

أظهرت دراسة جديدة أن شكل أنف الإنسان الحديث قد يكون تأثر جزئياً بالجينات الموروثة من إنسان «نياندرتال».

«الشرق الأوسط» (لندن)
علوم دراسة تطرح نظرية جديدة بشأن كيفية نشأة القارات

دراسة تطرح نظرية جديدة بشأن كيفية نشأة القارات

توصلت دراسة جديدة إلى نظرية جديدة بشأن كيفية نشأة القارات على كوكب الأرض مشيرة إلى أن نظرية «تبلور العقيق المعدني» الشهيرة تعتبر تفسيراً بعيد الاحتمال للغاية.

«الشرق الأوسط» (لندن)

لأول مرة: الذكاء الاصطناعي يصمم توربين رياح لتوليد الطاقة بين المباني

لأول مرة: الذكاء الاصطناعي يصمم توربين رياح لتوليد الطاقة بين المباني
TT

لأول مرة: الذكاء الاصطناعي يصمم توربين رياح لتوليد الطاقة بين المباني

لأول مرة: الذكاء الاصطناعي يصمم توربين رياح لتوليد الطاقة بين المباني

صمم نظام ذكاء اصطناعي جديد توربين رياح لأول مرة في التاريخ، وفقاً لمطوره.

نظام ذكاء هندسي ثوري

وأعلنت شركة «EvoPhase» البريطانية أن الذكاء الاصطناعي الخاص بها تخلى عن جميع القواعد الراسخة في هندسة مثل هذه الأجهزة. وبناءً على اختباراتها، فإن اختراعها أكثر كفاءة بسبع مرات من التصميمات الحالية.

تتكون «شفرة برمنغهام» The Birmingham Blade -كما تسمي الشركة التوربين- من ست أذرع موازية للأرض متصلة بمحور عمودي مركزي. وتحتوي كل ذراع على شفرة رأسية، وسطح به موجتان تغيران زاوية هجومهما عبر ارتفاعها وطولها.

لعمل مع سرعات رياح منخفضة

يتم تحسين توربينات الرياح التقليدية لسرعات رياح تبلغ نحو 33 قدماً في الثانية. في المقابل، تم تصميم «الشفرة» لسرعات الرياح المتوسطة المنخفضة النموذجية للمناطق الحضرية مثل برمنغهام، والتي تبلغ نحو 12 قدماً في الثانية. هذا يزيد قليلاً عن ثمانية أميال (13كلم تقريباً) في الساعة.

وتم تحسين التصميم للعمل بين المباني الشاهقة التي تنتج أنماط اضطراب تؤثر على فاعلية تصميمات التوربينات الحضرية الأخرى. وإذا ثبت أن هذا صحيح، فقد يفتح التصميم الباب أمام إنتاج كهرباء غير محدود في المباني المكتبية والسكنية بتكلفة تكاد تكون معدومة.

يقول ليونارد نيكوسان، كبير مسؤولي التكنولوجيا في الشركة، في بيان صحافي: «كان استخدام الذكاء الاصطناعي ضرورياً للتحرر من التحيزات طويلة الأمد التي أثرت على تصميمات التوربينات خلال القرن الماضي. سمح لنا الذكاء الاصطناعي باستكشاف إمكانيات التصميم خارج نطاق التجارب البشرية التقليدية».

وفقاً لنيكوسان، تمكن المصممون من «توليد واختبار وتحسين أكثر من 2000 تصميم لتوربينات الرياح في غضون أسابيع قليلة، ما أدى إلى تسريع عملية التطوير لدينا بشكل كبير وتحقيق ما كان يستغرق سنوات وملايين الجنيهات من خلال الطرق التقليدية».

سحر «التصميم التطوري»

«التصميم التطوري الموجه بالذكاء الاصطناعي» هو منهجية تقوم على نفس فكرة الانتقاء الطبيعي. تبدأ العملية بتوليد آلاف المتغيرات التصميمية التي يتم تقييمها وفقاً لوظيفة «البقاء للأفضل»، والتي تحدد مدى نجاح كل متغير في تلبية أهداف المشروع. ويختار الذكاء الاصطناعي أفضل البدائل لاستخدامها أساساً لتكرارات جديدة، وإعادة الجمع بين الميزات وتنويعها لتطوير إصدارات محسنة.

تتكرر هذه الخطوات حتى يصل الذكاء الاصطناعي إلى حل يحقق تحسين جميع العلامات المهمة مثل الكفاءة الديناميكية الهوائية، والاستقرار الهيكلي، والوزن، أو الاكتناز.

تقول الشركة إن عمليتها تتجنب التحيزات البشرية الموجودة في الهندسة التقليدية. بطبيعتها، تكون الهندسة التقليدية محدودة بالأفكار والمعرفة السابقة.

من ناحية أخرى، يستكشف الذكاء الاصطناعي مجموعة واسعة من الاحتمالات دون القيود في العقل البشري. عندما تجمع بين جيل الذكاء الاصطناعي والتكرار التطوري، يمكن أن يؤدي هذا إلى نتائج مبتكرة تتحدى غالباً الفطرة السليمة ولكنها لا تزال تعمل.

إن نهج التصميم التطوري هذا ليس جديداً تماماً، إذ استخدمت صناعة الطيران والفضاء برامج بهذه القدرات لسنوات. ومثلاً استخدمت شركة «إيرباص»، بالتعاون مع شركة «أوتوديسك»، عملية مماثلة لتصميم حاجز مقصورة خفيف الوزن للغاية لطائراتها من طراز A320وظهرت النتيجة مستوحاة من هياكل العظام الطبيعية، ما أدى إلى انخفاض الوزن بنسبة 45 في المائة مقارنة بالهياكل المماثلة المصممة بالطرق التقليدية.

كما طبقت شركة «جنرال إلكتريك» الخوارزميات التطورية في إعادة تصميم حامل محرك نفاث جديد، مما أدى إلى انخفاض وزن القطعة بنسبة 80 في المائة. وتستخدم وكالة «ناسا» أيضاً هذه التقنية منذ سنوات، ففي عام 2006 استخدمت الوكالة خوارزمية تطورية لتصميم «هوائي متطور».

نجاح توربين «برمنغهام بليد»

لقد طبق فريق المصممين بقيادة الدكتور كيت ويندوز - يول من جامعة برمنغهام هذه العملية التطورية لحل مشكلة تكافح العديد من تصميمات التوربينات لمعالجتها: كيفية العمل بكفاءة في البيئات الحضرية، حيث تكون الرياح أبطأ وأكثر اضطراباً بسبب المباني.

ويقول نيكوسان: «كنا بحاجة إلى توربين يمكنه التقاط سرعات الرياح المنخفضة نسبياً في برمنغهام مع إدارة الاضطرابات الناجمة عن المباني المحيطة. وكان لا بد أن يكون التصميم أيضاً مضغوطاً وخفيف الوزن ليناسب التركيبات على الأسطح».

* مجلة «فاست كومباني» خدمات «تريبيون ميديا»