ضمن جدول أعمال المرحلة الثانية، يعيد مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية بناء وترميم عدد من المساجد في المنطقة الشرقية، وفق مجموعة من الأساليب والمناهج التي تهدف للحفاظ على أهمية الإرث التاريخي لتلك المساجد. وسيركز المشروع على إعادة دراسة وتحليل الطراز المعماري لها لإعادة تلك المساجد إلى أقرب صورة ممكنة لوضعها الأصلي مع مراعاة ترميمها وتأهيلها وفق القواعد المهنية المتبعة في أعمال تنفيذ وتشييد المواقع الثقافية.
يهدف المشروع لمنح مسجدي جواثا وأم زرينيق في المنطقة الشرقية هوية تاريخية وجمالية بتفاصيلها الفريدة والمميزة التي تحافظ على تاريخها الجمالي وتنقلها إلى المستقبل، عبر مراحل عدة من الأعمال الممنهجة التي تعتمد على عدد من الدراسات والأبحاث والتحليل في الأساليب المتبعة لإعادة تلك المساجد إلى حالتها الأصلية باستخدام مواد مناسبة. ويُعد مسجد جواثا أو جواثى الذي يستهدف تطويره المحافظة على هويته التراثية وهندسته المعمارية، أحد أقدم المساجد التاريخية في العالم الإسلامي، بناه بنو عبد القيس بعد وفادتهم الثانية من رسول الله صلى الله عليه وسلم، في العام الهجري السابع، وهو أول مسجد أقيمت فيه صلاة الجمعة بعد المسجد النبوي بالمدينة المنورة، وتبلغ مساحة المسجد قبل وبعد الترميم 205.5 م²، فيما ستبقى طاقته الاستيعابية عند 170 مصلياً قبل التطوير وبعده.
وتمتد أعمال مشروع تطوير المساجد التاريخية بالمنطقة الشرقية إلى مسجد أم زرينيق بحي العويمرية في مدينة الهفوف، الذي بُني قبل أكثر من 100 عام، بجوار مقبرة أم زرينيق، وستزداد مساحته بعد الترميم من 30 م²، إلى 213.96 م²، فيما سترتفع طاقته الاستيعابية لـ94 مصلياً.
ويهدف مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية لإعادة ترميم وتأهيل 130 مسجداً بجميع مناطق المملكة، وإبراز أبعادها الحضارية والثقافية من خلال الحفاظ على طرازها المعماري الأصلي، ويهدف المشروع في خطته للمرحلة الثانية، لتطوير 30 مسجداً تاريخياً موزعة على مناطق المملكة الـ13، بواقع 6 مساجد لمنطقة الرياض، و5 مساجد في منطقة مكة المكرمة، و4 مساجد في منطقة المدينة المنورة، و3 مساجد في منطقة عسير، ومسجدين في كل من جازان والمنطقة الشرقية والجوف، ومسجد واحد في كل من نجران، والقصيم، والباحة، وتبوك، وحائل، والحدود الشمالية.